Organizacje społeczne złożyły wnioski do Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim oraz Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Szczecinie o wszczęcie postępowania i nakazanie natychmiastowego wstrzymania robót budowlanych znacząco negatywnie oddziałujących na cele ochrony obszarów Natura 2000: Ujście Warty, Dolna Odra i Łęgi Słubickie oraz podjęcie niezbędnych działań naprawczych w związku z przedsięwzięciem „1B.2 Etap I i Etap II Prace modernizacyjne na Odrze Granicznej w ramach Projektu Ochrony Przeciwpowodziowej w Dorzeczu Odry i Wisły”, które prowadzone były przez Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie.
Inwestor realizował niniejsze działania na podstawie decyzji środowiskowej Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Szczecinie z dnia 18 marca 2020 r. Decyzji tej nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska odmówił wstrzymania natychmiastowej wykonalności decyzji środowiskowej, ale decyzją z dnia 16 sierpnia 2022 r. dokonał jej częściowej zmiany. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, postanowieniem z dnia 9 grudnia 2022 r. (sygn. akt IV SA/Wa 2239/22), wstrzymał wykonanie ww. decyzji. Natomiast Naczelny Sąd Administracyjny (NSA), postanowieniem z dnia 7 marca 2023 r. (sygn. akt III OZ 78/23), oddalając zażalenie Inwestora, uznał, że należy wstrzymać wykonanie całego przedsięwzięcia, chociaż Inwestor uzyskał następcze decyzje pozwalające na budowę w trybie „specustawy przeciwpowodziowej”. Jak wskazał NSA: „W świetle rozpoznawanej sprawy, Naczelny Sąd Administracyjny uznał jednak, że wstrzymanie wykonania decyzji środowiskowej, w przypadku trwającej realizacji tego przedsięwzięcia, oznacza rzeczywisty obowiązek wstrzymania toczących się w ramach jego realizacji prac. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, przyjęcie odmiennego stanowiska, nie tylko byłoby sprzeczne z zasadami prawa ochrony środowiska, ale oznaczałoby pozbawienie stron prawa do sądu, które mając na względzie zasadę demokratycznego państwa prawnego, nie może stanowić fasadowej instytucji.”. Zgodnie z treścią art. 37 ustawy o ochronie przyrody, jeżeli działania mogące znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000, zostały podjęte bez uzyskania zezwolenia, o którym mowa w art. 34, lub uzgodnienia z RDOŚ lub decyzji środowiskowej, regionalny dyrektor ochrony środowiska wydaje decyzję, w której nakazuje, w zależności od potrzeb, ich natychmiastowe wstrzymanie lub podjęcie niezbędnych działań zapobiegawczych lub działań naprawczych. Organizacje społeczne wskazywały, że inwestor realizował działania bez wymaganego prawem zezwolenia lub decyzji środowiskowej (jej wykonalność została wstrzymana przez Sąd) oraz podkreślały zagrożenie stwarzane przez te działania dla przedmiotów ochrony obszarów Natura 2000.
Postanowieniami z dnia 27 kwietnia 2023 r. (znak: WPN-II.6334.1.2023.DJ oraz WPON.6334.1.2023.AA) Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim oraz Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Szczecinie odmówili wszczęcia postępowania. Organy te wskazały, że fakt wstrzymania wykonalności decyzji środowiskowej nie oznacza, iż w sprawie tej nie wydano decyzji środowiskowej w rozumieniu art. 37 ustawy o ochronie przyrody. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska w postanowieniach z dnia 12 października 2023 r. (znak: DOA-WPPOH.6334.1.2023.KP oraz DOA-WPPOH.6334.2.2023.KP) podzielił argumentację organu I instancji i uznał, że decyzja środowiskowa nie została uchylona, a więc uprawnia inwestora do realizacji przedsięwzięcia.
Wyrokami z dnia 17 kwietnia 2024 r. (sygn. akt: IV SA/Wa 3007/23 oraz IV SA/Wa 3008/23) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżone postanowienia Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska i poprzedzające je postanowienia Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim oraz Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Szczecinie. Sąd wskazał na dwie kluczowe kwestie w kontekście wykładni art. 37 ust. 1 ustawy o ochronie przyrody. Po pierwsze, przesłanka „mogącego znacząco negatywnie oddziaływać na obszar Natura 2000” winna zostać uprawdopodobniona, a nie udowodniona. Po drugie, decyzja środowiskowa, której wykonanie zostało wstrzymane, nie może wywoływać w obrocie prawnym żadnych skutków, a więc nie stanowi dla inwestora zezwolenia do prowadzenia działań zgodnie z art. 35a i 37. ust. 1 ustawy o ochronie przyrody. W konsekwencji Regionalni Dyrektorzy Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim oraz w Szczecinie muszą ponownie rozpatrzyć sprawę. Sąd podkreślił, że organ administracji publicznej nie może dowolnie odmawiać wszczęcia postępowania, jeżeli nie zbadano interesu publicznego w rozumieniu art. 31 k.p.a., chociaż organizacje społeczne przedstawiły poważne powody i argumentację przemawiającą za potrzebą wszczęcia postępowania w interesie ogółu społeczeństwa.